Piatra de temelie a şcolii a fost pusă la data de 10 ianuarie 1979. Certifictul de naștere al unității Şcoala Gimnazială nr. 13 Botoşani este reprezentat de Hotărârea Consiliului Popular Botoşani nr. 20/1.09.1979 în cea de-a XXI sesiune de lucru, în cartierul periferic Pacea. Şcoala a fost dată în folosinţă la data de 10 ianuarie 1980.
Istoricul școlii se împletește strâns cu apariția și evoluția cartierului de locuințe colective (blocuri), Primăverii, corelat cu procesul de industrializare forțată specific perioadei comuniste, finalizat cu exodul masiv de populație din mediul rural pentru a asigura forța de muncă pe platformele industriale ale orașului, dar și a zonei periferice, cu o dezvoltare urbanistică preponderent orizontală(gospodării individuale) a cartierului Pacea.
În primul an de funcţionare în unitate existau 69 de cadre didactice. În anul 1983 s-a adăugat localului şcolii şi sala de sport, iar în anul 1985 s-a definitivat terenul de sport.
În anul 1986 unitatea avea 3600 de elevi cu 101 clase şi 127 cadre didactice şi se număra printre primele şcoli din ţară ca număr de elevi. Acest număr a scăzut drastic înainte de Revoluţia din 1989 ca urmare a desprinderii din unitate a Şcolilor cu clasele I-VIII nr. 16 şi nr. 17 Botoşani care au preluat 1800 elevi aşa încât, în anul 1991 unitatea mai avea doar 1600 de elevi, în 1996 numai 1400 de elevi urmând ca anul şcolar 2001/2002 să înceapă şcoala 800 de elevi. Numărul elevilor ce au urmat cursurile Şcolii Gimnaziale nr. 13 Botoşani a scăzut şi mai mult în aşa fel încât la 2 septembrie 2016 erau 468 de elevi cuprinzând şi copiii din Grădiniţa nr. 5 – structură a şcolii.
Cei care au ţinut linia dreaptă în şcoală au fost: prof. Clocotici Teodor – director, cu adjunct prof. Lebădă Aneta. Această echipă a fost înlocuită de echipa formată din prof. Nicorici Mihai – director şi prof. Strachină Maria – director adjunct. Din anul 1999 echipa managerială a fost formată din prof. Strujan Ioan – director şi prof. Vasilică Doina Camelia – director adjunct. Din septembrie 2013 – prof. Vasilică Camelia Doina– director și prof. Strujan Ioan – director adjunct, anul școlar 2017-2018 prof. Vasilică Camelia Doina– director și prof. Atitienei Sergiu Constantin – director adjunct. Din decembrie 2020 conducerea școlii a fost preluată de prof. Filip Mihaela ( inițial detașare în interesul învățământului și ulterior din 2021 pe baza de concurs pentru ocuparea funcțiilor manageriale în unitățile de învățământ preuniversitar).
Anii 2006, 2007 şi 2008 au beneficiat de investiţii majore în infrastructură, s-a realizat reabilitarea (parţială) a localului şcolii şi a sălii de sport, s-au achiziţionat materiale didactice, s-a înlocuit o parte din mobilier,acest fapt determinând o reală „schimbare la faţă” a şcolii.
În şcoală au fost integraţi copii cu CES, cu probleme familiale (proveniţi din cămine, plasament,familii monoparentale) mulţi fiind recuperaţi şi reuşind să studieze mai departe în licee şi şcoli profesionale.
Şcoala a devenit constant o şcoală incluzivă, răspunzând nevoilor comunităţii locale, s-a realizat egalitatea de şanse pentru toţi copiii, indiferent de situaţia acestora (CES, cu dezabilități, aflaţi în plasament, orfani, etc.), cadrele didactice perfecţionându-se constant pentru a face faţă dinamicii actuale în privinţa cerinţelor de a răspunde corespunzător provocărilor sociale actuale.
Din septembrie 2011 au devenit structuri ale şcolii Grădiniţa cu program normal nr. 5 Botoşani şi Grădiniţa cu program prelungit nr. 6 Botoşani, astfel că numărul beneficiarilor de educaţie din unitatea cu personalitate juridică a crescut simţitor.
Prin Hotărârea Consiliului Local nr. 84 din 28.03.2013 denumirea unităţii a fost schimbată în ŞCOALA GIMNAZIALĂ NR. 13 BOTOŞANI şi s-a aprobat modificarea structurii reţelei şcolare, Grădiniţa cu program prelungit nr. 6 Botoşani a devenit unitate cu personalitate juridică, nemaifiind structură a Şcolii Gimnaziale nr. 13 Botoşani. Astfel numărul elevilor/copiilor a scăzut sub 500 de elevi şi copii preşcolari, începând cu 01.09.2014. Din această perioadă, populația școlară întră relativ într-un declin numeric, pe același bazin demografic fiind suprapusw un număr mare de școli, cartierul este îmbătrânit.
Anul școlar 2020-2021 a prezentat un efectiv de 458 preșcolari si elevi, cuprinși în 20 formațiuni de studiu, ca în anul școlar 2025-2026 să discutăm despre un total de 561 de elevi în 24 de clase/grupe.
Din anul școlar 2023-2024 unitatea noastră școlară a intrat într-un amplu proces de reabilitare, „Reabilitare energetică a clădirilor publice – Școala Gimnazială nr. 13 Botoșani”- Planul Național de Redresare și Reziliență, Componenta 5 – Valul renovării, beneficiind de o investiție de 11.644.463,54 lei.